Los colores del equipo, rojo y negro, se deben al mártir San Lorenzo, santo patrono del Colegio Ampleforth, una escuela de origen británico con sede en Guadalajara. Muchos de sus fundadores fueron alumnos de dicha escuela.
Sin duda, los Rojinegros vivieron su primera época dorada en la década de 1940. Fueron el primer equipo tapatío en ganar la Copa México, en la temporada 1945-46. El éxito continuó en esa década, el equipo logró ganar nueve títulos en total. El más importante de ellos fue un título de liga en la campaña 1950-1951. En aquel entonces, nadie podría predecir que este sería su último título de liga en 70 años.
A pesar de no poder sumar un título más a su palmarés, el club rojinegro siempre ha sido un referente del futbol mexicano. Tanto es así, que durante la década de los 70, el equipo se ganó el apodo de Los Zorros por la velocidad con la que se movían sus jugadores por la cancha. Otro apodo con el que es muy conocido el Atlas es sin duda “la Academia”. Este apodo se le dio al club por la enorme cantidad de jugadores que salieron de sus equipos juveniles para jugar tanto en equipos nacionales como extranjeros, así como en la Selección Mexicana.
Por mencionar algunos, podemos nombrar a Andrés Guardado, Hugo Ayala, Oswaldo Sánchez, Jared Borgetti, Pável Pardo, José de Jesús Corona, Daniel Osorno, Miguel Zepeda, Juan Pablo Rodríguez, Mario Méndez y Rafael Márquez. Estos últimos seis formaron parte de la generación de los Niños Héroes, quienes en 1999 protagonizaron la que es considerada por muchos como la mejor final disputada en la historia de la Liga MX.
El canterano del Atlas llevó a penales a un Toluca que estaba en plena etapa de gloria en la Liga MX. Aunque terminó perdiendo aquella final, aquel equipo dejó una huella que mucha gente aún recuerda por su energía y su estilo de juego agresivo y ofensivo. Fue un equipo que, muchos argumentarán, es incluso más recordado que los propios campeones.
Tras vivir el descenso, así como la compra y venta del equipo, el equipo finalmente fue comprado en 2019 por Grupo Orlegui, quien reestructuró la estructura deportiva y financiera del club para devolverle el protagonismo que había perdido en la década de 2010. Bajo esta nueva dirección, los roijnegros viven actualmente lo que para muchos es la época más gloriosa en la historia del equipo. Tras haber logrado romper una sequía de siete décadas sin títulos de liga, el equipo no sólo terminó como campeón por primera vez desde 1951, sino que también rápidamente ganó un tercer título para ingresar a un selecto club de equipos que han ganado tanto el Apertura como el Clausura en la misma temporada.
El actual campeón de la Liga MX ahora continúa un proyecto que lo ha llevado al éxito en los últimos años y ahora espera expandir esas marcas de gloria a torneos internacionales como la Liga de Campeones de la CONCACAF y, por supuesto, Leagues Cup y Campeones Cup.
Dueño: Alejandro Carlos Irarragorri Gutiérrez
